Durch eine Festlegung, die am 20. Juni 1933 durch das Preußische Innenministerium erfolgte, beschloß man drei Lager in Börgermoor, Neusustrum und Esterwegen mit Platz für 5.000 Schutzhäftlinge errichten zu lassen. Das Konzentrationslager Esterwegen als Doppellager mit Platz für 2.000 Gefangene wurde Mitte August zum größten Teil fertiggestellt und erhielt die Bezeichnung Lager II und III, obwohl die beiden Teillager von einem gemeinsamen Zaun (später zusätzlich noch eine Mauer) umgeben waren. Das Innenministerium setzte als Lagerkommandanten die SS-Untersturmführer Heinrich Katzmann (Lager II) und Martin Seehaus (Lager III) ein. Ab dem 10. August trafen Häftlinge ein.



Es häuften sich in den nächsten Wochen und Monaten, Mißhandlungen und Morde von Häftlingen. Zur selben Zeit gab es zahlreiche Übergriffe der SS-Leute in den umliegenden Ortschaften, die zu Protesten aus der Bevölkerung führten. Das Innenministerium ließ daraufhin im November durch bewaffnete Einheiten der Schutzpolizei die Lagerkommandanten der drei emsländischen Konzentrationslager absetzen. Die Dienstaufsicht der am 20. Dezember eingerichteten "Kommandantur der staatlichen Konzentrationslager" oblag nun nicht mehr dem Geheimen Staatspolizeiamt, sondern dem Preußischen Staatsrat Oberpräsident Viktor Lutze.

Die Konzentrationslager Börgermoor und Neusustrum wurden im April 1934 aufgelöst und von der preußischen Justizverwaltung als Strafgefangenenlager genutzt. Esterwegen blieb als Konzentrationslager bestehen. Am 20. April übernahm der Reichsführer-SS Heinrich Himmler die Gestapo in Preußen und beauftragte den Kommandanten des KZ Dachau und SS-Gruppenführer Theodor Eicke mit der Reorganisation der staatlichen preußischen Konzentrationslager. Zwei Monate später unterstellte sich Himmler das Lager Esterwegen "unmittelbar" und setzte am 1. Juli den SS-Standartenführer Hans Loritz als neuen Kommandanten ein, der bis März 1936 diese Funktion ausübte. Am 1. August führte Eicke die für Dachau entwickelte Lagerordnung ein, sie bestand darin, dass den Häftlingen alle Rechte genommen wurden was den Wachleuten ermöglichte, völlig willkürlich Häftlinge zu terrorisieren.

Im Juni 1934 befanden sich noch 812 Gefangene im Lager, nachdem zahlreiche Schutzhäftlinge 1933 entlassen worden waren. Mitte 1933 waren überwiegend kommunistische und sozialdemokratische Schutzhäftlinge im Lager. Aber sehr bald kamen Mitglieder von Gewerkschaften oder anderer Parteien, Intellektuelle, Zeugen Jehovas und Juden hinzu. Zu den bekanntesten Schutzhäftlingen gehörten Carl von Ossietzky, Friedrich Ebert jun., Ernst Heilman, Julius Leber, Bernhard Bästlein, Theodor Neubauer und Werner Finck.

Die Mißhandlungen und Morde an Häftlingen nahmen 1935 wieder deutlich zu.
Das Reichsjustizministerium übernahm am 7. Januar 1937 das Lager mit der Bezeichnung Lager VII (Esterwegen) als siebtes Strafgefangenenlager im Emsland. Ab 1940 kamen zunehmend verurteilte Soldaten hinzu. Die Haftbedingungen verschlechterten sich in den Kriegsjahren zusehends. Die täglichen Arbeitsstunden wurden bis auf 12 erhöht, durch die hygienischen Zustände, den Hunger und die Arbeitsbedingungen erkrankten immer mehr Gefangene. Allein 55 Häftlinge starben zwischen dem 1. April und dem 20. November 1942.

Ab Mai 1943 kamen Widerstandskämpfer aus Frankreich, Belgien und in sehr kleiner Anzahl auch aus den Niederlanden in einen Teilbereich des Lagers Esterwegen, in das zu diesem Zweck vom mit deutschen Gefangenen belegten Restteil des Lager scharf abgetrennte "Lager Süd". Insgesamt über 60 Transporte mit 2696 Gefangenen trafen bis zum 14. April 1944 im Emsland ein. Die Inhaftierung im Lager Esterwegen erfolgte unter strengster Geheimhaltung: Die Gefangenen erhielten eine Nummer, Schriftverkehr war grundsätzlich verboten. Nachweisbar ist, dass 165 der Belgier und 9 der Franzosen, die im Lager Esterwegen inhaftiert gewesen waren , zum Tode verurteilt und in München-Stadelheim, Dortmund, Wolfenbüttel, Braunschweig, Köln und Brandenburg-Görden hingerichtet wurden.